Punase kärbseseene toime võib varieeruda sõltuvalt individuaalsest tundlikkusest, emotsionaalsest ja füüsilisest seisundist manustamishetkel, annusest, seente kogumise ajast ja kohast ning kuivatamise õigsusest.
Esimesed mõjud ilmnevad umbes tund pärast seene võtmist jäsemete kerge värinana. Lisaks võib tekkida soov magada, väsimustunne.
Kärbseseen toimib tugeva füüsilise ergutajana – ilmneb erakordne kergus ja jõud, igasugune koormus sooritatakse palju lihtsamalt, ilma väsimust tekitamata. Seene psühhoaktiivne toime avaldub tavaliselt järgmiselt: kui inimene läheb magama, siis sukeldub ta omamoodi uimasusse koos nägemuste ja kõrgendatud helitundlikkusega. Kui ta on ärkvel, võivad ilmneda nägemis- ja kuulmishallutsinatsioonid. Üldiselt on see kõik muidugi rangelt individuaalne. Kärbseseene toime kestab kuni 7 tundi, peale tegevuse lõppu midagi pohmellilaadset ei täheldata.
Kõrvaltoimetest märgime iiveldust, mis võib tekkida esimese pooleteise tunni jooksul. Kui tühja kõhuga seeni ei võta, siis on iiveldus sagedamini. Samuti võib esineda valu kõhus.