Väikelastel võib hormonaalsete kõrvalekallete korral ravi koosneda süstidest Testosteroon, mille annuse ja regulaarsuse määrab endokrinoloog. See hästi järgitav ravi suurendab peenise suurust. Kui mikropeenise põhjuseks on peenise kuded, mis ei ole testosterooni suhtes tundlikud, ei ole sellel hormoonravil mingit mõju.

Mida varem mikropeenis avastatakse, seda kiiremini ravi rakendatakse, seda tõhusam see on. Ravi võib olla vajalik ka puberteedieas. Pärast puberteeti pole hormoonravi enam efektiivne, sest koed ei reageeri enam samamoodi.

Mikropeenise kirurgiline ravi     

Täiskasvanueas, kui mikropeenist ei ole ravitud või kui ravi ei ole olnud piisavalt tõhus, kirurgia on võimalik. Siiski ei anna see alati veenvaid tulemusi.

Sideme lõik peatav peenist, mis läheb peenisest pubiseni, võib pakkuda. See ei muuda peenist mingil viisil, vaid eraldab selle osaliselt pubisest, muutes selle pikemaks. Täheldatud suurenemine on 1–2 cm lõtvunud olekus ja 1,7 cm erektsioonis. See pikenemine saavutatakse ebastabiilse erektsiooni peenise hinnaga, kuna see on halvemini pubisega kinnitunud, mis muudab läbitungimise vähem lihtsaks.

THEautoloogne rasvasüst hõlmab katsealuse rasva süstimist tema peenise naha alla. See ei pikenda peenist kuidagi, vaid muudab selle visuaalselt paksemaks. Keha ei omasta aja jooksul ainult osa paika pandud rasvast (10–50% olenevalt subjektist). Resorptsioon võib olla ebaühtlane ja põhjustada peenise "roosipärja" välimust.

Mikropeenisel võivad olla olulised psühholoogilised tagajärjed, eriti puberteedieas, oluline on, et inimest aidatakse ja tema kahtlustega arvestatakse.